拆迁有争议的房屋怎么处理

拆迁时对房屋有争议的，双方可以协商处理，或向房管部门请求协调和解，未能解决争议的，可以双方指定的仲裁机构作为第三方进行仲裁，对仲裁结果不满意的，可以直接向辖区法院提起诉讼。

征收国有土地上单位、个人的房屋，双方应当达成协议。

法律依据

《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第二十五条

房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。

补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。