新型农村合作医疗保险和职工基本医疗保险相比，职工基本医疗保险报销比例更高。原因在于，职工基本医疗保险由用人单位与劳动者按月共同缴费，灵活就业人员可以自己缴费，新型农村合作医疗保险由农民自己缴费，政府虽然会给予相应补助，但缴费金额比职工基本医疗保险参保人少。无论是何种社会保险，缴费金额都是影响社会保险待遇的重要因素。
职工基本医疗保险报销比例和新型农村合作医疗保险报销比例各地各地不一，以长沙为例：职工基本医疗保险住院报销比例：基层医疗卫生机构起付标准200元，报销比例为93%；一级医疗机构或不设等级医疗机构起付标准500元，报销比例为92%；二级医疗机构起付标准800元，报销比例为90%；三级医疗机构起付标准1100元，报销比例为85%；省部属医疗机构起付标准1600元，报销比例为80%。城乡居民基本医疗保险住院报销比例：基层医疗卫生机构起付标准200元，报销比例为85%；一级医疗机构或不设等级医疗机构起付标准500元，报销比例为82%；二级医疗机构起付标准800元，报销比例为80%；三级医疗机构起付标准1200元，报销比例为65%；省部属医疗机构起付标准2000元，报销比例为60%。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
