档案里劳动合同丢失,一般没什么影响。劳动合同丢了不影响劳动合同的有效性,但是结合实际的不同情况对补偿的问题可能会有数额和维权程序上造成一定的负担,只要员工及时去有备份的单位处补办就可以。
法律依据

《档案法》第十九条档案馆以及机关、团体、企业事业单位和其他组织的档案机构应当建立科学的管理制度,便于对档案的利用;按照国家有关规定配置适宜档案保存的库房和必要的设施、设备,确保档案的安全;采用先进技术,实现档案管理的现代化。档案馆和机关、团体、企业事业单位以及其他组织应当建立健全档案安全工作机制,加强档案安全风险管理,提高档案安全应急处置能力。