1、适用对象不同，没收财产主要是适用于危害国家安全罪和破坏社会主义市场经济秩序罪的犯罪，而罚金适用于贪利性犯罪；
2、执行方式不同，没收财产只能是一次性没收；但是罚金却是在在判决指定的期限内一次或者分期缴纳。
法律依据
《中华人民共和国刑法》第五十二条
判处罚金，应当根据犯罪情节决定罚金数额。
《中华人民共和国刑法》第五十三条
罚金在判决指定的期限内一次或者分期缴纳。期满不缴纳的，强制缴纳。对于不能全部缴纳罚金的，人民法院在任何时候发现被执行人有可以执行的财产，应当随时追缴。如果由于遭遇不能抗拒的灾祸缴纳确实有困难的，可以酌情减少或者免除。
《中华人民共和国刑法》第五十九条
没收财产是没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部。没收全部财产的，应当对犯罪分子个人及其扶养的家属保留必需的生活费用。在判处没收财产的时候，不得没收属于犯罪分子家属所有或者应有的财产。