是的，民办大学需要依法纳税。

根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，所有在中国境内注册成立的企业、事业单位、社会团体等组织，包括民办大学，都需要按照税法规定缴纳税款。这些税款通常包括企业所得税、增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等。民办大学在经营过程中产生的收入，如学费、住宿费、培训费等，均需按规定申报并缴纳相应税款。