企业所得税年末清缴的计算方法可以分为查账征收方式下的计算和核定征收方式下的计算。
在查账征收方式下企业所得税的计算方法为：企业所得税应纳税额=全年应纳税所得额×适用税率-减免税额-抵免税额-当期累计已缴所得税额。应纳税所得额的计算可分为直接计算法和间接计算法。
直接计算法下应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额=全年收入总额-不征税收入-免税收入-各项扣除金额-允许弥补的以前年度亏损。
间接计算法下应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额=会计利润总额纳税调整项目金额。
在核定征收（核定应税所得率）方式下企业所得税的计算方法为：应纳税额=全年收入总额×核定的应税所得率-当期累计已缴所得税额。