极性是化学性质标准氨基酸化学性质的认识是理解生物化学的中心，根据R基团的不同性质将氨基酸分类可使这一问题简化。

按照R基团的极性（polarity）或在生理pH（接近pH7.0）下与水相互作用的趋势等可将它们分为非极性、极性不带电、带正电（碱性）、带负电（酸性）R基团的氨基酸。