氨基酸脱水的机理是,羧基脱去羟基，氨基脱氢,从而形成肽键,并脱去一分子水.两分子氨基酸脱水缩合时,一般形成链状的二肽(若一条肽链由N分子氨基酸脱水缩合而成，则一般情况下称之为N肽）。

此时只生成一分子水(若由N分子氨基酸脱水缩合成为M条肽链，则脱去N-M分子水，形成N-M条肽键）.如果形成环状物质,即两分子氨基酸的羧基和氨基均脱水缩合,就会生成两分子水.。