用途范围不同，结构上也不同。

米根霉经常被用于发酵工程，主要是利用它分泌的淀粉糖化酶，将淀粉转化为葡萄糖。米曲霉是产复合酶的菌种，除蛋白酶外，还能产淀粉酶、糖化酶、纤维素酶、植酸酶、果胶酶等。米曲霉不产生黄曲霉毒素，是我国传统酿造食品酱和酱油的主要生产菌种。米曲霉在酿酒生产中被作为糖化菌。