用琼脂在温度高于50℃时熔化、而低于此温度时则凝固的特性，将其溶于水后与微生物混合，然后冷却凝固或滴入非水相溶液中，从而制成固定化微生物。

其特点是包埋微生物活性较高，制作较容易。缺点是氧和底物及产物的扩散受到限制，琼脂凝胶的机械强度较差，且成球受温度影响较大。以琼脂为载体，建立包埋固定化微生物细胞的方法如下。方法I①将琼脂加热溶于水，冷却至45—50℃；②使琼脂溶液与微生物细胞混合均匀，琼脂的最终浓度为3％；③将琼脂与微生物细胞的混合液倒入已灭菌的培养皿中，使之冷却凝固；④将凝胶切成3mm×3mm×3mm的小方块，用生理盐水洗净，备用。方法Ⅱ①将琼脂加热溶于水，冷却至45—50℃；②将琼脂溶液与微生物细胞混合均匀，琼脂的最终浓度为3％；③在常温条件下(45—50℃)，将琼脂与微生物细胞混合物用针形管滴入上层是液体石蜡、下层是水的量筒中；④滤出固定化细胞颗粒，用生理盐水洗净，备用。方法Ⅲ①将按方法Ⅱ制得的固定化细胞颗粒在下列溶液中浸泡30min；ACAM7.5％BIS0.4％TEMED 0.5％VC2.0％②滤出固定化颗粒，加入到0.8％K2S2O4溶液中，在缓速搅拌下放置30min③滤出固定化颗粒，用生理盐水洗净，备用。‍