莆田学院多数学院已经搬迁至新校区了，外国语学院、数学与金融学院、工艺美术学院、管理学院、商学院、基础教育学院也将全部搬迁至新校区。

余下的环境与生物工程学院，信息工程学院、机电工程学院、土木工程学院、临床医学院、药学与医学技术学院、护理学院、体育学院等工科以及医学学院也将陆续搬迁至新校区。目前莆田学院一共设有16个二级学院其中包括：莆田学院机电工程学院、莆田学院信息工程学院、莆田学院数学与金融学院、莆田学院环境与生物工程学院、莆田学院土木工程学院、莆田学院文化与传播学院、莆田学院外国语学院、莆田学院工艺美术学院、莆田学院音乐学院、莆田学院体育学院、莆田学院管理学院、莆田学院商学院等。