刚果红染色法有两种:(1)先培养微生物再加入刚果红进行颜色反应；优点:显示出的颜色反应基本上是纤维素分解菌的作用;缺点:操作繁琐,加入的刚果红会使菌落之间发生混杂。

(2)在倒平板时就加入刚果红;优点:不存在菌落的混杂问题;缺点:在纤维素粉和琼脂、土豆汁中都含有淀粉类物质,可以使能够产生淀粉酶的微生物产生假阳性反应;有些微生物有降解色素的功能。