住院请假一般不会扣工资。因为病假住院的,病假工资按用人单位规章制度规定,但不能低于最低工资标准的80%;因为生育住院的,产假期间用人单位未依法缴纳生育保险费,按产假前工资标准支付工资;因为工伤住院的,停工留薪期内原工资福利待遇不变;其他情形。
法律依据

《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第五条企业职工在医疗期内,其病假工资、疾病救济费和医疗待遇按照有关规定执行。《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条职工患病或非因工负伤治疗期间,在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费,病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付,但不能低于最低工资标准的80%。