南京理工大学有多个特色专业，包括电子信息工程、电子科学与技术、探测制导与控制技术、机械工程、材料科学与工程、化学工程与工艺等1。

其中，南京理工大学国家级特色专业包括电子信息工程、电子科学与技术、环境工程等，江苏省级特色专业包括电子科学与技术、电气工程及其自动化等。此外，南京理工大学还有安全工程、自动化、武器系统与发射工程等专业。