水利水电工程（一般简称水工），农田水利工程（一般简称农水），两个专业都是水利工程，水工侧重大型水利工程（例如水电站等，主要专业课是水电站），而农水侧重农田水利工程（例如水泵站，主要专业课是水泵与水泵站，灌溉排水技术等等），其他的科目都类似。

具体选哪个就要看题主的自身发展需求了。