内蒙古农业大学有三个校区，其中呼和浩特市有两个校区，一个叫东校区，另一个叫西一，还有一个是内蒙古农业大学萨拉旗校区。

其中，位于呼和浩特市的两个校区，现在都只招本科，不再招专科。而萨拉旗校区是本科和专科同时招生，并且专科和本科在一个校区。