小溪石斑鱼在淡水中生长，也可在盐度为10‰以下海水中生长，适温范围在25～30℃间，当水温下降至20℃时摄食明显减少，水温下降至15℃时身体失去平衡，故冬季期间池水会降至15℃以下的地区不适合养殖，越冬期间淡水石斑鱼生长的水温在19℃以上。

食性为偏肉食性鱼类，鱼苗阶段肉食性的特性强烈，主要以浮游动物为主。