南理工大学有13个二本学院。

机械工程学院、化工学院、电子工程与光电技术学院、计算机复科学与技术学院、经济管理学院、能源与动力工程学制院、自动化学院、理学院、外国语学院、人文与社会科学学院、材料科学与工程学院、环境与生物工程学院、设计艺术与传知媒学院等13个专业学院。