北京大学作为出资人开设的公司、企业主要是四大集团，分别是：北京北大方正集团、北京北大资源集团、北京市北大青鸟软件系统公司和北京北大未名生物工程集团有限公司。

北京大学控股的上市公司有：方正证券、方正科技、北大医药和中国高科。比较出名的集团下属一级校办企业有：北大维信生物科技有限公司、北大先行科技产业有限公司、北大科技园有限公司、北大高科技股份有限公司、北京资源燕园宾馆、北京大学出版社有限公司、北京大学音像出版社有限公司、北京大学医学出版社、北大培文教育文化产业（北京）有限公司等。