1942年建立的。

肯尼迪机场于1942年建立，它于1948年7月1日进行了第一次商业飞行；7月31日正式命名为纽约国际机场。1963年12月24日，为了纪念在1963年11月22日遇刺的约翰·F·肯尼迪总统，机场改名为“约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪国际机场”，国际航空运输协会的机场代码被更新为JFK。在1998年时，肯尼迪机场开始建设轻轨机场捷运系统AirTrain JFK，于2003年12月17日开通，连接纽约地铁和长岛铁路。

2018年1月7日，由于一根主要的水管破裂，机场陷入混乱，第四航站楼被淹。