注册会计师考试全科合格证和专业阶段合格证是两个不同的考试合格证书。

两者有明显的区别。注册会计师专业阶段考试的单科考试合格成绩5年内有效。对在连续5个年度考试中取得专业阶段考试全部科目合格成绩的考生，财政部考委会颁发注册会计师全国统一考试专业阶段考试合格证。也就是说，考生参加《会计》、《审计》、《财务成本管理》、《公司战略与风险管理》、《经济法》和《税法》六科考试并取得合格成绩，就可以取得专业阶段合格证。取得专业阶段合格证是参加综合阶段考试的必备条件。对取得综合阶段考试科目合格成绩的考生，财政部考委会颁发注册会计师全国统一考试全科合格证。取得全科合格证即有资格申请成为注册会计师协会执业或者非执业会员。