主要在以下方面：

1. 音域不同： G调短箫的音域范围相对较小，一般为D4-D6，适合演奏高音乐段；而G调长箫的音域范围更广，通常为G3-D6，适合演奏中低音段。

2. 长度不同： G调短箫的长度只有约23-27厘米，而G调长箫的长度则为约60-70厘米。

3. 发音方式不同： G调短箫的吹奏比较简单，因为其短的管身带来了较高的音量和发音容易掌握的特点；G调长箫则需要更加注重发音细节和技巧，因为其长的管身需要更加准确的呼吸和唇部技巧才能吹出清晰的音调。总的来说，G调短箫适合初学者和想要演奏高音段的人使用，而G调长箫则适合有一定演奏基础和想要演奏中低音频段的专业人士使用。