专项清理工作将分四个阶段进行:第一阶段从2011年6月20日至8月31日，为调查摸底阶段。

第二阶段从2011年9月1日至12月31日，为各地自查自纠阶段。第三阶段从2012年1月1日至2月29日，为各部委检查复核阶段。第四阶段从2012年3月1日至5月31日，为总结完善阶段。

2012年10月11日,佛山市政府法制办公布了《广州市城市路桥隧道车辆通行费年票制办法（修订稿）》,根据《中华人民共和国道路交通安全法》和《中华人民共和国行政许可法》，修订稿将“对没有缴费的车辆，责令车主到市市政管理部门缴费后，方可办理有关手续”的规定删除，不再强制要求购买年票。