内蒙古自治区目前有两家航空公司，分别是中国南方航空公司（南航）和首都航空公司，两家公司均在内蒙古设有下设基地。

1. 中国南方航空公司（南航）：南航在内蒙古设有呼和浩特分公司和包头分公司两个下设基地。呼和浩特分公司成立于1999年，是南航在内蒙古设立的第一个分公司，负责内蒙古自治区、山西省和陕西省的航空运输业务。包头分公司成立于2004年，负责内蒙古自治区和山西省的航空运输业务。

2. 首都航空公司：首都航空公司在内蒙古设有呼和浩特分公司和鄂尔多斯分公司两个下设基地。呼和浩特分公司成立于2005年，是首都航空公司在内蒙古设立的第一个分公司，负责内蒙古自治区和山西省的航空运输业务。鄂尔多斯分公司成立于2012年，负责内蒙古自治区和陕西省的航空运输业务。需要注意的是，航空公司的业务范围和下设基地的具体情况可能随时发生变化，以上信息仅供参考，具体以航空公司官网公布的信息为准。