领军博士含金量非常高，作为全国首批获得工程博士专业学位授予权的单位，学校自2011年启动工程博士项目，结合重大工程项目与行业发展需求，联合培养工程博士生。

2012年以来，学校在能源与环保、先进制造、电子与信息三个领域招收工程博士研究生。学校设立清华大学工程专业学位研究生教育中心，成立工程博士培养指导委员会，以项目制的方式在校级层面统一培养和管理，打破学科壁垒，促进融合交叉创新。截至2020年，在校创新领军工程博士生668人，全部来自国家重点行业或创新型企业，分布在24个培养院系。