济宁学院附中地处孔孟之乡、运河之滨，她秉承了数千年儒家文化之风范，汲取了悠远绵长的运河文化之精华，形成了自己浓厚的文化特色。

其前身是清华洞小学、实验小学、济宁市第七中学、济宁市第四中学。1991年9月经济宁市人民政府批准，更名为济宁师范专科学校附属中学，隶属于济宁师范专科学校。

2000年6月原济宁市第十中学并入附中；2003年7月1日，原济宁市第六中学并入附中。目前，学校已形成一校三区的格局。