总体上，湖南工业大学好。两所大学综合实力在伯仲之间，在湖南排在大约第10左右，都是取得博士点不久的高校，但湖工大地处株洲，交通便利，且株洲是工业城市，学生就业前景看好。

吉首大学好。

两个大学都是一本大学，但是吉首大学里的专业更全面，有工科理科文科，还有医学类专业，

而湖南工业大学更侧重于工科和理科，没有医学类专业。