凝胶电泳是一种根据分子的大小和电荷对大分子（DNA、RNA和蛋白质）及其片段进行分离和分析的方法。

它在临床化学中用于按电荷或大小分离蛋白质（IEF琼脂糖，基本上与大小无关），在生物化学和分子生物学中用于按长度分离DNA和RNA片段的混合群体，以估计DNA和RNA片段的大小或通过电荷分离蛋白质。通过施加电场使带负电荷的分子穿过琼脂糖或其他物质的基质，从而分离核酸分子。较短的分子比较长的分子移动更快并且迁移得更远，因为较短的分子更容易通过凝胶的孔迁移。这种现象称为筛分。琼脂糖中的电荷将蛋白质分开，因为凝胶的孔太小，无法筛分蛋白质。凝胶电泳也可用于分离纳米颗粒。