和中国科学院联合培养硕士研究生的普通高校，有南京信息工程大学、安徽理工大学、大连理工大学、上海大学、桂林理工大学、哈尔滨理工大学、福州大学、福建师范大学、福建农林大学、中北大学、华东师范大学、宁波大学、合肥学院、香港理工大学、四川大学、内蒙古工业大学、兰州理工大学、成都信息工程大学等。

和中国科学院联合培养博士生的则有北京大学、清华大学、北京交通大学、北京化工大学、中国农业大学、吉林大学、同济大学、大连理工大学、北师大、北京林业大学、华东理工大学、南京大学、山东大学、武汉大学、华中科技大学、电子科技大学、四川大学、西交大、兰州大学、北航、中科大、云南大学、新疆大学等。