三大自然区域的明显气候特征是东部湿润，西北干旱，青藏高寒。

热量和水分是决定药用植物资源分布的两个主要因素。水分和热量的结合，导致植物地理分布的形成:一方面沿纬度方向成带状发生有规律的更替，称为纬度地带性;另一方面从沿海向内陆方向成带状发生有规律的更替，称为经度地带性。纬度地带性和经度地带性合称水平地带性。随着海拔高度的增加，植物也发生有规律的更替，称为垂直地带性。纬度地带性、经度地带性和垂直地带性结合起来，影响并决定着一个地区植被种类和分布的基本特点。这就是“三向地带性”学说。我国药用植物在三大区域的分布特征是:东部季风区域以纬向分布最明显;西北干旱区域以经向分布最明显;青藏高寒区域以垂直分布最明显