重庆交通大学专业有土木工程、水利工程、交通运输工程，这三个学科均有博士授权点和科研流动站，其实涉及的在山区桥隧、路基路面、内河港航、单轨交通、运输物流等学术领域都是拿过了国家级科技进步奖的。

国家级的研究中心如下：国家工程技术研究中心 国家内河航道整治工程技术研究中心 国家重点实验室培育基地 山区桥梁与隧道工程省部共建国家重点实验室培育基地国家地方联合工程实验室 交通土建工程材料国家地方联合工程实验室

重庆交通大学共有专业60个，包括建筑学、风景园林、城乡规划、土木工程、道路桥梁与渡河工程、港口航道与海岸工程、水利水电工程、交通运输、交通工程、交通设备与控制工程等专业。由于专业设置可能会变动，正式填报时需要以学校最新公布的数据为准。