云南农业大学历史可追溯到1907年创办的云南农业学堂，1938年国立云南大学农学院创办，建址昆明市呈贡县；1958年独立建成昆明农林学院，迁址昆明北郊黑龙潭。

1962年滇南大学、滇西大学并入昆明农林学院，1969年搬迁至大理州宾川县，1970年迁至原曲靖地区寻甸县，1971年与云南农业劳动大学合并成立云南农业大学，1980年搬回昆明北郊黑龙潭。

2004年，云南省建筑工程学校、云南省香料研究开发中心并入云南农业大学。

2014年，云南热带作物职业学院并入云南农业大学。