虫草花种植技术中首先菌种的分离、纯化和培养难度很大，且十分关键。

大量培植时通常使用大米、小麦、玉米以及豆类、蛋奶类等按配方比例来制作培养基，分装到容器（瓶子）中后需要进行灭菌。培养基制作好后，将菌种接种到培养基上需要在无菌的条件下操作，否则，污染菌种和培养基，带进杂菌。