佳木斯处在中温带湿润气候区，属大陆性季风气候。

全市年平均气温3摄氏度左右，年降水量500毫米左右，冬长夏短，无霜期130天左右。春季气温回升，风大易旱；夏季温热多雨，气候湿润；秋季气候凉爽，降温急骤；冬季漫长寒冷，气候干燥。 全年有7个月（4-10月）平均气温在0摄氏度以上。

3月上旬冰雪开始融化；3月下旬土壤开始解冻，11月初开始结冰，11月中旬大地开始封冻，冻土深度可达1.2米。