南通大学按照国家和江苏省规定设立各类奖学金，含研究生国家奖学金、学业奖学金、新生奖学金、学者奖学金、社会奖学金等。

硕士研究生学业奖学金为生均8600元/学年(一等奖、二等奖、三等奖获奖比例分别可达20%、50%、30%)；入学当年，博士、硕士生获得的奖学金最高可分别达到4.2万元、3.2万元；在第二、三学年，根据学习、科研以及社会工作情况，博士、硕士生获得的奖学金最高可分别达到5万元、3.4万元。符合条件的研究生按照1.35万元/年*博士生、0.6万元/年*硕士生享受国家助学金。学校建有完整的助学体系，帮助经济困难的研究生完成学业，具体参照学校相关文件。