南京大学最好的专业有经济学、新闻学、地质学、软件工程、水文与水资源工程、哲学、汉语言文学、数学与应用数学、物理学等专业。

南京大学可谓中国国内的顶尖大学，也是历史悠久的大学，曾先后为我国组建多所高水平大学，在南京大学众多专业中排在前三名的专业分别是经济学类专业，培养具备馬克思主义经学理论基础，二是计算机科学与技术专业，培养具有良好科学素养，三天文学专业，培养具有良好的数、物理和天文等方面基本知和基本能力。