西湖大学现设有生命科学学院、理学院、工学院三大学院，按一级学科开展博士研究生招生，招生专业有：

生命科学学院：生物学（0710），同时面向基础医学、药学、临床医学、公共卫生与预防医学、生态学、生物医学工程等生命科学相关专业以及对生命科学具有浓厚兴趣的相关专业学生；

工学院：材料科学与工程（0805）、电子科学与技术（0809）、计算机科学与技术（0812）、环境科学与工程（0830）同时面向光学工程、化学、信息与通信工程、控制科学与工程、软件工程、机械工程、生物医学工程、土木工程等工学相关专业学生。