闽南理工学院的王牌专业有：机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、光电信息科学与工程、服装设计与工程、工程管理、经济学、财务管理、产品设计等专业。

1、一流本科专业建设点（国家级+省级）

2020年度国家级一流本科专业建设点：机械设计制造及其自动化专业

2020年度省级一流本科专业建设点：光电信息科学与工程、服装设计与工程、工程管理

2、其他重点专业

特色专业建设点：机械设计制造及其自动化、电子信息工程

高等学院创新创业教育改革项目：数字媒体技术、机械设计制造及其自动化、测控技术与仪器、国际经济与贸易