南京大学博士学制通常都是四年，根据学生表现情况，也有可能会延迟毕业。

南京大学肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等历史时期，1950年更名为南京大学。1952年，调整出部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。校址从四牌楼迁至鼓楼金陵大学原址。

2006年，教育部和江苏省签订重点共建南京大学的协议。

2011年，教育部和江苏省签署协议继续重点共建南京大学