杭州三年制初中的科目一共有语文、数学、英语、物理、化学、道德与法治、历史、地理、生物、体育、音乐、美术、信息技术，共13个科目的课程。

没有一门课程叫自然科学。 单独的物理，化学这样的课程是有的。 初中新设的课程有历史、地理、物理、化学，生物等学科，而每个年级会变更一些科目。语文、数学、英语、道德与法治等科目将贯穿初中三年。而地理、生物、历史会在七年级开设，物理会在八年级开设，化学会在九年级开设。 之所以初中课程这样安排，主要是考虑到学生们的接受能力，刚进入初中的初一学生仍然受到小学学习思想与习惯的影响，因此在初一并不适合开设物理，化学等理论性较强的科目，并且需要初中数学知识作为铺垫。