1. 军机处机构设置的直接原因是为了加强军队的机构管理和指挥体系，提高军队的作战能力。

2. 军机处的设立对军队有着重要的影响。首先，它能够提供更加专业的机构管理和指挥支持，使军队能够更加高效地组织和执行任务。其次，军机处的设立能够加强对军队的监督和管理，确保军队的行动符合法律和规章制度。此外，军机处还能够提供军事情报和情报分析，为军队的决策提供重要的参考依据。

3. 军机处的设立不仅能够提高军队的作战能力，还能够加强军队的组织纪律和管理水平。它能够提供专业的指挥和管理支持，确保军队能够更好地履行使命。此外，军机处的设立还能够加强对军队的监督和管理，确保军队的行动合法合规。最后，军机处的设立还能够提供重要的情报支持，为军队的决策提供科学依据，提高军队的战略决策能力。