又称补助能。

除太阳能外，输入生态系统各种形式的补加能量。辅助能可分为自然辅助能和人工辅助能两大类。前者主要源于自然力的作用，如潮汐的涨落、频繁的风雨等；后者主要指人们从事各项生产活动所投入的能量。农业生态系统中投入的辅助能多为人工辅助能，按其来源和性质不同，可分为生物能和工业能两类。生物能如投入系统的劳力、畜力、农家肥、种苗等，属于可更新能源；工业能如化肥、农药、燃油、电力等，属于不可更新能源。辅助能的投入可以减少农业生物的维持消耗，促进和调节太阳辐射能的固定、转化，改善农业生态系统机能，从而提高生态系统的生产力。