南京体育学院建校多年来积极推进学科专业建设和教育教学改革，现有17个本科专业，涵盖教育学、文学、管理学、医学、艺术学、工学6个学科门类，有国国家级一流本科专业5个，江苏省高校一流本科专业12个，国家级特色专业建设点3个，教育部“十二五”专业综合改革试点项目2个，江苏省高校特色专业建设点4个，江苏省高校品牌专业建设点3个，江苏省“十二五”高等学校重点专业2个。

学校现已经获批博士学位授予立项建设单位，体育学被批准为江苏高校优势学科建设工程立项学科，博士学位授予立项建设单位；体育学被批准为江苏高校优势学科建设工程立项学科；拥有体育学一级学科硕士学位授予点和教育硕士、体育硕士专业学位授予点。