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上海海洋大学研究生教育始于1983年，经过三十多年的发展，目前已拥有水产、食品科学与工程和生物学等3个博士后科研流动站，水产、海洋科学、食品科学与工程和生物学等4个一级学科博士学位授权点，水产、海洋科学、食品科学与工程、生物学、生态学、环境科学与工程、机械工程、计算机科学与技术、软件工程、农林经济管理和应用经济学等11个一级学科硕士学位授权点，制冷及低温工程和应用化学等2个二级学科硕士学位授权点，涵盖五个学科门类，可授予农学、理学、工学博士学位和农学、理学、工学、经济学、管理学硕士学位。同时学校还拥有农业、电子信息、机械、能源动力、生物与医药、公共管理和翻译等7个硕士专业学位授权点