清华大学会计系始建于1994年，其基本师资力量由清华大学经管学院会计系和清华大学会计研究所构成。

以培养优秀的会计人才和不断推动中国会计学术研究的国际化为基本使命，自建系以来清华大学会计学科长期所坚持的基本办学思想是：全方位与国际接轨，不断巩固和提高本科教育质量，积极探讨硕士教育的新思路，以博士教育为龙头，推动学术研究活动和学科建设，培养不同层次既懂中国国情又通晓世界潮流的新一代会计实务和学术人材。在学术研究上，会计学科的主要研究方向为会计与资本市场，会计准则、财务分析与企业价值评估、企业成本和绩效管理、审计和税务。在研究方法上实证研究和规范研究并举，积极倡导现代经验和分析研究工具的应用。