按照多元化投资、专业化经营的理念，鲁商集团形成了“集团总部－次集团－企业”三级管理架构。

集团总部定位为战略与投资管控型总部，产业次集团为利润中心，次集团下属企业为运营实体。集团对产业次集团和直接管理的企事业单位，通过总部的职能管理单元进行管理。鲁商集团教育业在济南、青岛、烟台、淄博等地拥有一所本科学校、两所高职院校和一所高级技工学校，全日制在校生5.4万人，分别为山东商业职业技术学院、青岛酒店管理职业技术学院、山东省城市服务技术学院、齐鲁医药学院。同时还建有一所企业大学和一家连锁化经营的幼教集团，分别为山东鲁商学院、银座幼儿教育。