南京大学和南开大学都是国内底蕴深厚的百年名校，也都是国内排得上号的顶尖985院校。

南京大学在排名上一直高于南开大学。在2023年，南京大学的全国排名为第8位，江苏省内排名第1名，全国综合类高校排名第8名。而南开大学的全国排名为第20位，天津市内排名第2名，全国综合类高校排名第16名。此外，两所大学的学科实力也都很强。南京大学的物理学、地质学、生物学、数学、化学、计算机科学、商学等多个学科领域都有非常优秀的学术成就。南开大学的化学、材料科学、历史学、生态学、经济学、政治学、统计学等多个学科领域都在国内排名前列。因此，虽然两所大学都各有所长，但南京大学综合实力更强一些，因此排名也更高一些。