微生物生物技术特别是现代微生物生物技术已自成系统，为当今微生物学科的各分支学科所利用，为各分支学科发展的趋势，并在前沿研究起着重要而不可替代的作用，因此，微生物生物技术顺理成章地成为一门新的分支学科。

微生物生物技术的发展趋势是：传统和近代微生物生物技术逐步向现代微生物生物技术发展，其中的传统、近代技术必将改进，分子生物学技术起着带头作用；微生物生物技术需要应用更多的学科理论和各种技术，更加体现了学科的交叉；微生物生物技术在工、农、医各个领域将进一步发展，在当今世界待解决的资源、能源、粮食、环保、健康、人口等难题方面发挥更大的作用。