南京航空航天大学信息科学与技术学院于2000年10月由原电子工程系和计算机科学与工程系组建而成。

1958年南航成立无线电系，先后设置了遥控遥测、雷达、导航、无线通讯、电子工程等专业。1983年，无线电系更名为电子工程系，本科专业随后调整为信息工程，并新增电子信息科学与技术专业。1958年我校开办了“解算装置”专业，开展计算机领域的教学和科研工作，成为我国最早成立计算机专业的高校之一。到1983年，正式成立计算机科学与工程系，包括计算机及应用、计算机软件专业，后又调整完善为计算机科学与技术和信息安全专业