北京大学在历史上曾合并过一些学校和机构。

具体来说：1、1927年至1929年，北京大学与其他几所北京的国立高校（如北京师范大学、北京工业大学等）合并，形成了国立京师大学校。

2、1937年，抗日战争爆发后，北京大学与清华大学、南开大学合并，组建了国立西南联合大学。

3、北大的农学院与清华大学农学院、华北大学农学院合并，组成了北京农业大学；北大的医学院则划归卫生部并成为了独立的北京医学院。此外，北大还曾合并了一些专业院校，比如北京医科大学，但这些并非直接意义上的“合并”，而是通过吸收其部分或全部学科的方式实现的。综上所述，北京大学确实有过合并学校的经历，但其目的是为了更好地整合资源和服务国家高等教育发展大局。